Bahan makanan, selain merupakan sumber gizi bagi manusia, juga merupakan sumber makanan bagi mikroorganisme. Pertumbuhan mikroorganisme dalam bahan pangan dapat menyebabkan perubahan yang menguntungkan seperti perbaikan bahan pangan secara gizi, daya cerna ataupun daya simpannya. Selain itu pertumbuham mikroorganisme dalam bahan pangan juga dapat mengakibatkan perubahan fisik atau kimia yang tidak diinginkan, sehingga bahan pangan tersebut tidak layak dikomsumsi. Kejadian ini biasanya terjadi pada pembusukan bahan pangan (Siagian 2002).

Beberapa bakteri patogen ditemukan dapat  tumbuh baik di dalam makanan. Mereka mengubah makanan dan mengeluarkan hasil metabolisme yang berupa toksin (racun). Racun tersebut berbahaya bagi kesehatan manusia. Bahan yang telah terkontaminasi akan mempengaruhi mutu dari bahan pangan itu. Mutu dari bahan yang terkontaminasi oleh bakteri patogen tidak boleh dikonsumsi. Konsumsi bahan pangan seperti daging dapat menyebabkan orang yang mengkonsumsi mengalami keracunan makanan. Secara umum, istilah keracuan makanan yang sering digunakan untuk menyebut gangguan yang disebabkan oleh mikroorganisme., mencakup gangguan-gangguan yang diakibatkan termakannya toksin yang dihasilkan organismeorganisme tertentu dan gangguan-gangguan akibat terinfeksiorganisme penghasil toksin. Toksin-toksin dapat ditemukan secara alami pada beberapa tumbuhan dan hewan atau suatu produk metabolit toksik yang dihasilkan suatu metabolisme. Dengan demikian, intoksikasi adalah gangguan akibat mengkonsumsi toksin dari bakteri yang telah terbentuk dalam makanan, sedangkan infeksi disebabkan masuknya bakteri ke dalam tubuh melalui makanan yang telah terkontaminasi dan sebagai akibat reaksi tubuh terhadap bakteri atau hasil-hasil metabolismenya (Siagian 2002).

Berbagai jenis produk dapat menjadi sumber dari keracunan pangan, daging dan produk olahan daging merupakan sumber penting terjadinya infeksi yang disebabkan oleh Salmonella spp., Campylobacter jejuni/coli, Yersinia enterocolitica, E. coli VTEC, Listeria monocytogenes dan juga Clostridium perfringens. Daging juga bisa menyebabkan intoksikasi yang disebabkan oleh Staphylococcus aureus dan Clostridium botulinum. Keberadaan bakteri ini didalam daging segar bervariasi, dan biasanya tergantung pada berbagai faktor diantaranya jenis organisme, faktor geografis, kondisi peternakan dan /atau praktek produksi dan pengolahan daging. (Syamsir 2010).

Untuk mengidentifikasi  jenis bakteri pathogen kontaminan daging dapat dilakukan dengan teknik PCR 16SRNA. Di antara berbagai teknik yang digunakan, RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5S rRNA memiliki urutan basa terlalu pendek, sehingga tidak ideal dari segi analisis statistika, sementaramolekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan tersieryang cukup panjang sehingga menyulitkan analisis. Analisis gen penyandi 16S rRNA telah menjadi prosedur baku untuk menentukan hubungan filogenetik dan menganalisis suatu ekosistem (Pangastuti 2006).

Dalam penerapan kini, 16S rRNA dapat digunakan sebagai penanda molekuler karena molekul ini bersifat ubikuitus dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme. Molekul ini juga dapat berubah sesuai jarak evolusinya, sehingga dapat digunakan sebagai kronometer evolusi yang baik. Molekul 16S rRNA memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif. Perbandingan urutan basa yang konservatif berguna untuk mengkonstruksi pohon filogenetik universal karena mengalami perubahan relatif lambat dan mencerminkan kronologi evolusi bumi. Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Jika urutan basa 16S rRNA menunjukkan derajat kesamaan yang rendah antara dua taksa, deskripsi suatutakson baru dapat dilakukan tanpa hibridisasi DNA-DNA (Stackebrandt dan Goebel 1995).

Analisis gen penyandi 16S rRNA praktis untuk definisi spesies, karena molekul ini bersifat ubikuitus, sehingga dapat dirancang suatu primer yang universal untuk seluruh kelompok. Penentuan spesies baru pun dapat dilakukan tanpa mengisolasi mikroorganisme yang bersangkutan.Taksa baru yang ditetapkan hanya berdasarkan data molekular oleh The International Committee on Systematic Bacteriology diberi status provisional candidatus (Murray dan Stackebrandt 1995).

Berdasarkan hasil percobaan yang diperoleh, mengalami kegagalan atau dengan kata lain DNA bakteri tidak berhasil diperoleh, hal ini dapat dilihat dari tidak ditemukannya pita. Pada hasil proses PCR tidak terbentuk pita dimungkinkan karena kesalahan dalam pembuatan master mix untuk PCR teknik 16S rRNA, karena enzim taq polymerase tidak masuk ke bakteri atau belum teraktivasi karena enzim tersebut belum mencapai suhu aktivasinya.

Comments are closed.