Bahan makanan, selain merupakan sumber gizi bagi manusia, juga merupakan sumber makanan bagi mikroorganisme. Pertumbuhan mikroorganisme dalam bahan pangan dapat menyebabkan perubahan yang menguntungkan seperti perbaikan bahan pangan secara gizi, daya cerna ataupun daya simpannya. Selain itu pertumbuham mikroorganisme dalam bahan pangan juga dapat mengakibatkan perubahan fisik atau kimia yang tidak diinginkan, sehingga bahan pangan tersebut tidak layak dikomsumsi. Kejadian ini biasanya terjadi pada pembusukan bahan pangan (Siagian 2002).

Beberapa bakteri patogen ditemukan dapat  tumbuh baik di dalam makanan. Mereka mengubah makanan dan mengeluarkan hasil metabolisme yang berupa toksin (racun). Racun tersebut berbahaya bagi kesehatan manusia. Bahan yang telah terkontaminasi akan mempengaruhi mutu dari bahan pangan itu. Mutu dari bahan yang terkontaminasi oleh bakteri patogen tidak boleh dikonsumsi. Konsumsi bahan pangan seperti daging dapat menyebabkan orang yang mengkonsumsi mengalami keracunan makanan. Secara umum, istilah keracuan makanan yang sering digunakan untuk menyebut gangguan yang disebabkan oleh mikroorganisme., mencakup gangguan-gangguan yang diakibatkan termakannya toksin yang dihasilkan organismeorganisme tertentu dan gangguan-gangguan akibat terinfeksiorganisme penghasil toksin. Toksin-toksin dapat ditemukan secara alami pada beberapa tumbuhan dan hewan atau suatu produk metabolit toksik yang dihasilkan suatu metabolisme. Dengan demikian, intoksikasi adalah gangguan akibat mengkonsumsi toksin dari bakteri yang telah terbentuk dalam makanan, sedangkan infeksi disebabkan masuknya bakteri ke dalam tubuh melalui makanan yang telah terkontaminasi dan sebagai akibat reaksi tubuh terhadap bakteri atau hasil-hasil metabolismenya (Siagian 2002).

Berbagai jenis produk dapat menjadi sumber dari keracunan pangan, daging dan produk olahan daging merupakan sumber penting terjadinya infeksi yang disebabkan oleh Salmonella spp., Campylobacter jejuni/coli, Yersinia enterocolitica, E. coli VTEC, Listeria monocytogenes dan juga Clostridium perfringens. Daging juga bisa menyebabkan intoksikasi yang disebabkan oleh Staphylococcus aureus dan Clostridium botulinum. Keberadaan bakteri ini didalam daging segar bervariasi, dan biasanya tergantung pada berbagai faktor diantaranya jenis organisme, faktor geografis, kondisi peternakan dan /atau praktek produksi dan pengolahan daging. (Syamsir 2010).

Untuk mengidentifikasi  jenis bakteri pathogen kontaminan daging dapat dilakukan dengan teknik PCR 16SRNA. Di antara berbagai teknik yang digunakan, RNA ribosomal paling banyak digunakan sebagai penanda molekuler. Pada prokaryota terdapat tiga jenis RNA ribosomal, yaitu 5S, 16S, dan 23S rRNA. Di antara ketiganya, 16S rRNA yang paling sering digunakan. Molekul 5S rRNA memiliki urutan basa terlalu pendek, sehingga tidak ideal dari segi analisis statistika, sementaramolekul 23S rRNA memiliki struktur sekunder dan tersieryang cukup panjang sehingga menyulitkan analisis. Analisis gen penyandi 16S rRNA telah menjadi prosedur baku untuk menentukan hubungan filogenetik dan menganalisis suatu ekosistem (Pangastuti 2006).

Dalam penerapan kini, 16S rRNA dapat digunakan sebagai penanda molekuler karena molekul ini bersifat ubikuitus dengan fungsi yang identik pada seluruh organisme. Molekul ini juga dapat berubah sesuai jarak evolusinya, sehingga dapat digunakan sebagai kronometer evolusi yang baik. Molekul 16S rRNA memiliki beberapa daerah yang memiliki urutan basa yang relatif konservatif dan beberapa daerah urutan basanya variatif. Perbandingan urutan basa yang konservatif berguna untuk mengkonstruksi pohon filogenetik universal karena mengalami perubahan relatif lambat dan mencerminkan kronologi evolusi bumi. Sebaliknya, urutan basa yang bersifat variatif dapat digunakan untuk melacak keragaman dan menempatkan galur-galur dalam satu spesies. Jika urutan basa 16S rRNA menunjukkan derajat kesamaan yang rendah antara dua taksa, deskripsi suatutakson baru dapat dilakukan tanpa hibridisasi DNA-DNA (Stackebrandt dan Goebel 1995).

Analisis gen penyandi 16S rRNA praktis untuk definisi spesies, karena molekul ini bersifat ubikuitus, sehingga dapat dirancang suatu primer yang universal untuk seluruh kelompok. Penentuan spesies baru pun dapat dilakukan tanpa mengisolasi mikroorganisme yang bersangkutan.Taksa baru yang ditetapkan hanya berdasarkan data molekular oleh The International Committee on Systematic Bacteriology diberi status provisional candidatus (Murray dan Stackebrandt 1995).

Berdasarkan hasil percobaan yang diperoleh, mengalami kegagalan atau dengan kata lain DNA bakteri tidak berhasil diperoleh, hal ini dapat dilihat dari tidak ditemukannya pita. Pada hasil proses PCR tidak terbentuk pita dimungkinkan karena kesalahan dalam pembuatan master mix untuk PCR teknik 16S rRNA, karena enzim taq polymerase tidak masuk ke bakteri atau belum teraktivasi karena enzim tersebut belum mencapai suhu aktivasinya.

Spektrofotometri merupakan suatu metode analisa menggunakan energi sinar yang diarahkan ke suatu larutan berwarna dan pengukuran cahaya yang diserap. Alat yang digunakan untuk mengukur nilai serapan spektofotometer /nilai transmitan / absorbansi (Saputra 2009). Dalam spektrofotometri, sinar yang digunakan merupakan suatu berkas yang panjang gelombangnya tidak berbeda banyak satu dari yang lain (mendekati monokhromatis). Penggunaan sinar dalam spektrofotometri dapat berupa sinar tampak, sinar Ultra Violet (UV), dan sinar Infra Merah (IM) (Harjadi 1986). Hukum yang mendasari prinsip spektrofotometri adalah hukum Lambert-Beer, yaitu:

Absorbansi= ε (absorptivitas molar) x t (tebal kuvet) x c (konsentrasi larutan)

(Clark 2007)

Prinsip spektofotometri ini adalah dipancarkannya sinar ke suatu larutan berwarna, di mana saat itu analat ada yang dipantulkan, diserap dan diteruskan. Spektrofotometri digunakan untuk menganalisa asam amino lisin (asam amino yang banyak terdapat dalam kentang (Solanum tuberosum)) karena asam amino lisin merupakan asam amino polar dengan gugus –R yang tidak bermuatan. Apabila asam amino lisin bereaksi dengan reagen ninhidrin yang merupakan hidrat dari triketon siklik, maka akan menghasilkan CO¬¬2.NH3 dan suatu aldehid dengan satu atom karbon kurang dari asam amino induknya yang berwarna ungu (Underwood 1986). Munculnya senyawa berwarna ini dapat dimanfaatkan untuk analisa menggunakan metoda spektrofotometri.

Kultur jaringan adalah suatu teknik mengisolasi bagian tanaman seperti protoplas sel, jaringan, dan organ  untuk menumbuhkan, memperbanyaknya dala suatu media yang kaya akan unsure hara dan senyawa lain dalam kondisai yabg aseptik sehingga berkembang menjadi tanaman lengkap. Teknik kultur jaringan memanfaatkan prinsip perbanyakan tumbuhan secara vegetatif. Berbeda dari teknik perbanyakan tumbuhan secara konvensional, teknik kultur jaringan dilakukan dalam kondisi aseptik di dalam botol kultur dengan medium dan kondisi tertentu.(Hameed 2006)

Teknik kultur jaringan disebut juga kultur in vitro. Dikatakan in vitro (bahasa Latin), berarti “di dalam kaca” karena jaringan tersebut dibiakkan di dalam botol kultur dengan medium dan kondisi tertentu. Metode perbanyakan atau kultur ibi dapat dilakukan dengan pembebtukan tunas baru dari tunas apikal, melalui pembentukan tunas adventif, dan dari embrio somatic baik langsung maupun melalui proses tak langsung atau pembentukan kalus (Gunawan 1987)

Teknik kultur jaringan ini berdasarkan teori sel seperti yang ditemukan oleh scheiden dan schwann, yaitu bahwa sel mempunyai kemampun autonom, bahkan mempunyai kemampuan totipotensi. Teori Totipotensi Sel (Total Genetic Potential), artinya setiap sel memiliki potensi genetik seperti zigot yaitu mampu memperbanyak diri dan berediferensiasi menjadi tanaman lengkap. Teori totipotensi ini menjadi dasar dari kultur in vitro, teori ini mempercayai bahwa setiap bagian tanaman dapat berkebang biak karena seluruh bagian tanaman terdiri atas jaringan-jaringan hidup. Oleh karena itu, semua organisme baru yang berhasil ditumbuhkan akan memiliki sifat yang sama persis dengan induknya.(Khan 1988).

Ada beberapa tipe jaringan yang digunakan sebagai eksplan dalam pengerjaan kultur jaringan. Pertama adalah jaringan muda yang belum mengalami diferensiasi dan masih aktif membelah (meristematik) sehingga memiliki kemampuan regenerasi yang tinggi.( Pierik 1999)Jaringan tipe pertama ini biasa ditemukan pada tunas apikal, tunas aksiler, bagian tepi daun, ujung akar, maupun kambium batang. Tipe jaringan yang kedua adalah jaringan parenkima, yaitu jaringan penyusun tanaman muda yang sudah mengalami diferensiasi dan menjalankan fungsinya. Contoh jaringan tersebut adalah jaringan daun yang sudah berfotosintesis dan jaringan batang atau akar yang berfungsi sebagai tempat cadangan makanan.

Komposisi media yang digunakan dalam kultur jaringan dapat berbeda komposisinya. Perbedaan komposisi media dapat mengakibatkan perbedaan pertumbuhan dan perkembangan eksplan yang ditumbuhkan secara in vitro. Media Murashige dan Skoog (MS) sering digunakan karena cukup memenuhi unsur hara makro, mikro dan vitamin untuk pertumbuhan tanaman (Marlina 2004). Nutrien yang tersedia di media berguna untuk metabolisme, dan vitamin pada media dibutuhkan oleh organisme dalam jumlah sedikit untuk regulasi. Pada media MS, tidak terdapat zat pengatur tumbuh (ZPT) oleh karena itu ZPT ditambahkan pada media (eksogen). ZPT atau hormon tumbuhan berpengaruh pada pertumbuhan dan perkembangan tanaman. Interaksi dan keseimbangan antara ZPT yang diberikan dalam media (eksogen) dan yang diproduksi oleh sel secara endogen menentukan arah perkembangan suatu kultur.

Penambahan hormon tumbuhan atau zat pengatur tumbuh pada jaringan parenkim dapat mengembalikan jaringan ini menjadi meristematik kembali dan berkembang menjadi jaringan adventif tempat pucuk, tunas, akar maupun daun pada lokasi yang tidak semestinya. Proses ini dikenal dengan peristiwa dediferensiasi. Dediferensiasi ditandai dengan peningkatan aktivitas pembelahan, pembesaran sel, dan perkembangan jaringan.